现任浙江中医药大学教授，主任医师，博士生导师，中华中医药学会方剂分会主任委员，全国中医文献学研究会常务理事，全国政协委员，中国民主促进会浙江省委员会副主任委员。长期从事方剂学的教学工作，治学严谨，1996年被授予“浙江省教师”称号。长期坚持临床，医术精湛，2001年被授予“浙江省名中医”称号。
2002年被国家人事部、卫生部、国家中医药管理局确定为“全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师”。编著出版了《历代名方精编》、《金匮方百家医案评议》、《古今奇效单方评议》、《金匮要略校注》、《中医必读》、《连建伟中医传薪录》等著作。并先后担任国家规划教材《方剂学》编委、副主编，主编,协编教材中药专业《方剂学》副主编，共发表专业论文80余篇。《金匮要略校注》获国家中医药管理局1992年度中医药科技进步二等奖。精于脉理，平脉辨证，擅长运用经方及后世各家医方，数方相合，化裁得宜，尤对内科脾胃病有丰富的经验。
连建伟认为，胆为“中正之官”，清净之腑，恶烦扰，恶壅郁；又主决断，谋虑出焉，若病后，或久病而宿有痰饮未消，胸膈余热未尽；或胃中痰饮邪热郁结，胃失和降，痰热必然随胃气之逆而犯胆腑，使其欲清不得，欲静不能，必伤少阳温和之气，以致虚烦不得眠、胆怯心悸等。方中半夏辛温，燥湿祛痰、和胃降逆，为君药。陈皮辛苦温，燥湿化痰、和胃，茯苓健脾祛湿，生姜辛温，祛痰止呕，又可解半夏之毒，均为臣药。竹茹性寒，清热涤痰、除烦止呕；枳实苦微寒，下气行痰，与半夏相配，气顺痰消，气滞得畅，胆胃得和，均为佐药。少量甘草调和诸药，以为使。恐大枣之滋腻碍湿，故去之不用。诸药合用，化痰而不燥，清热而不寒，使痰热尽去，胆腑自然恢复其少阳温和之气，故以“温胆”名之。
治脾宜升，治胃宜降，相济为用
《素问，六微旨大论》云：“气之升降，天地之更用也……出入废则神机化灭，升降息则气立孤危，故非出入，则无以生长壮老已，非升降，则无以生长化收藏。是以升降出入，无器不有。”连老认为，气机之升降各有所主，与肝、胆、脾、肺、胃均有关。通过升降，脏腑各尽其职，气血津液得以敷布，废物糟粕及时排出，但以脾胃为升降之枢纽，正如东垣所云：“脾为太阴之脏，恶湿喜燥，燥则脾之清气上升，以煦心肺，心肺和煦则下济肝肾；胃属阳明之腑，恶燥喜润，润则胃之浊气下降，以濡肝肾，肝肾濡润则上滋心肺。”脾主运化，其性主升，清阳得以上达上窍；胃主受纳腐熟，其性主降，水谷入胃得以下行，是故《临证指南医案》云：“脾宜升则健，胃宜降则和。
若脾胃升降乖常，则出现“胃病者，腹顶胀，胃脘当心而痛，上支两胁，膈咽不通，食欲不下”（《灵枢·邪气脏腑病形篇》），或“清气在下，则生飧泄，浊气在上则生胀”（《素问·阴阳应象大论。连老认为，脾胃气弱，清气不升而反降为飧泄，当升脾；浊气不降，而反上逆，则生胀，为呕，为吐，为哕，为便团，当降胃。对脾虚小能运化水谷，精微不生，反生湿浊，而为泄泻者，老师治以健脾、化湿祛浊，如香砂六君、参苓白术、资生丸，或温中暖脾，如理中汤。若清阳不能上升而下陷浊气不能下降而上逆，清浊反常，症见脘腹胀满、大便不畅时，应升阳泄浊并举，使中阳升腾，浊阴方可下降，宜补中汤、升陷汤。六腑以通为用胃气以下行为顺，否则传化无由，壅滞为病。对胃失通降，浊气浊阴随之上逆，应通降镇逆，方选旋覆代赭汤、橘皮汤、橘皮竹茹汤，可根据寒热虚实灵活运用。对虚中夹实、寒热互结、痞塞难开者，宜辛开苦降，如半夏泻心汤、甘草泻心汤、生羡泻心汤等。连老强调，脾为阴脏，其用在阳，不升则阳无所用；胃为阳丽，其用在阴，不降则阴无所用。因此，治脾必知其欲升，治胃必知其欲降。察其阴阳，知其升降，明其补泄，才能抓住脾胃病的要点。